المفهوم الأساسي في الكتاب هو مفهوم «المنهجية»، التي ترى الكاتبة أنها السبيل لتوطين الظاهرة العلمية وتأطيرها ومأسستها في أي حضارة. وتقوم المنهجية الإسلامية في عمومها على ثلاثة أبعاد هي: منهجية التعامل مع الأصول (القرآن والسنة)، ومنهجية التعامل مع التراث (التراث الإسلامي والعالمي)، وأخيرًا منهجية التعامل مع الواقع.
وفق الخولي «بقاء الأمة الإسلامية مرهون بحفظها لهويتها، وتفعيل هذه الهوية في التطبيق وهو ما يدخل فيه الدور، الذي يقوم به الوعي المنهجي ومأسسة الفكر، والبحث عن طريق منهجية إسلامية معاصرة هي تطوير للثقافة الإسلامية وتمكين للمعرفة العلمية. ذلك أن المنهجية الإسلامية نموذج معرفي شامل عاكس للإطار الحضاري ومتضمن للنموذج العلمي الإرشادي».
وترجع المؤلفة إلى البيئة العلمية الأولى في الحضارة العربية والإسلامية، التي حملت لواء البحث العلمي في مرحلة العصور الوسطى، التي كانت شمسها غاربة عن الغرب، ومشرقة في الشرق.
لقد قدم العلماء المسلمون نماذج ناضجة للمنهج العلمي وأساليب البحث العلمي الإجرائية، وهو ما شكل تمهيدا للعلم الحديث وكان مفضيًا إليه.
وتتوقف في هذا الصدد عند علم أصول الفقه، الذي ترى أنه شكل ميثودولوجيا (منهجية بحثية) إسلامية، ويحتل موقعًا استراتيجيًا في مشروع توطين منهجية الروح العلمية وتأسيس نموذج إرشادي إسلامي، باعتباره ظل أقرب إلى التأصيل العقلي ووضع قواعد الاستدلال لاستنباط الأحكام.
ويسعى الكتاب من خلال تفصيله في بعض العلوم المنهجية والعقلية، التي ازدهرت في البيئة الإسلامية، إلى إبطال فكرة غربة العلم عن هذه البيئة، وغياب روح المنهجية العلمي عن الحضارة العربية والإسلامية، حيث تشدّد الكاتبة على أن خيار المادية وضرب الأبعاد الثقافية والعقائدية، الذي هو خيار الحضارة الأوروبية، ليس شرطًا بالمطلق لقيام المنهجية العلمية.
